Esas primitivas partes del cerebro humano siguen operando en concordancia con un estereotipado e instintivo conjunto de programas que proceden tanto de los mamíferos que habitaban en el suelo del bosque como, más atrás aún en el tiempo, de los toscos reptiles que dieron origen a los mamíferos.
El primero compartido por los reptiles, el más primitivo, es el que facilita las actividades en forma de estímulo-respuesta. Su capacidad para el aprendizaje es escasa, casi inapreciable, es la parte más antigua del cerebro y se desarrolló hace unos 500 millones de años. Se encuentra presente primordialmente en los reptiles. Los reptiles son las especies animales con el menor desarrollo del cerebro. El suyo, está diseñado para manejar la supervivencia desde un sistema binario: huir o pelear. Tiene un papel muy importante en el control de la vida instintiva. Se encarga de autorregular el organismo. En consecuencia, este cerebro no está en capacidad de pensar, ni de sentir; su función es la de actuar, cuando el estado del organismo así lo demanda.
Es el impulso por la supervivencia: comer, beber, temperatura corporal, sexo, territorialidad, necesidad de cobijo, de protección... Es un cerebro funcional, territorial, responsable de conservar la vida. Por decirlo de alguna forma rápida en este primer cerebro es una herencia de los períodos cavernarios, donde la supervivencia era lo esencial.
El segundo cerebro corresponde al sistema límbico, propio de los mamíferos, capaz de proporcionar bases biológicas para procesos como el mantenimiento constante de la temperatura corporal aunque el entorno varíe. Permite procesos como el aprendizaje, la memoria y la expresión emocional. Puede afirmarse que este cerebro posee la característica de incorporar al presente lo ocurrido en el pasado. Su función principal es la de controlar la vida emotiva, lo cual incluye los sentimientos, la regulación endocrina, el dolor y el placer. Puede ser considerado como el cerebro afectivo, el que energiza la conducta para el logro de las metas -motivación-. El desbalance de dicho sistema conduce a estados agresivos, depresiones severas y pérdida de la memoria, entre otras enfermedades. Este segundo cerebro, es el que permite sentir.
Su carácter más específico desde el punto de vista temporal es la capacidad de poner el pasado en el presente (aprender, memoria)
Y el tercero que corresponde especialmente a los polos frontales del cerebro humano, permite anticipar, incluir en el presente, no sólo el pasado sino también el futuro. Caracterizado también por hacer posible otras actividades como el desarrollo del sentido del humor, formas complejas de comunicación y la actividad simbólica.
Los tres soportan las reacciones instintivas, los estados emocionales y la actividad cognitiva respectivamente. En la medida en que la persona toma decisiones usando preferentemente uno de ellos es descrita como impulsiva, sentimental o racional.
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